知网查重只能查两次的原因主要是出于版权保护和平等使用的考虑。知网作为知识产权保护的平台，限制查重次数可以有效减少盗版行为，保护原创作品的权益。此外，限制查重次数也有利于平等使用，避免某些用户频繁查重占用资源，保障每个用户的权利。因此，虽然有些用户可能觉得限制查重次数不够灵活，但这一举措实际上是为了维护整个知网平台的健康发展。

另外，知网查重只能查两次还可以有效控制系统资源的占用，保证系统的稳定性和高效性。如果不限制查重次数，可能会有部分用户滥用查重功能，导致系统负荷过重，影响其他用户的正常使用体验。因此，通过设定查重次数限制，知网能够更好地管理和分配系统资源，确保所有用户都能够顺畅地使用查重服务。综上所述，知网查重只能查两次的设计合理性体现了对版权保护、平等使用和系统资源管理的综合考量。