确定论文查重合格率的合理设定原则需要综合考虑多方因素。首先，应根据学术水平和研究领域的不同确定合理的查重率范围。一般而言，本科生论文的查重率应控制在15%以内，硕士研究生在20%以内，博士研究生在25%以内。其次，还需考虑文献引用和学术规范，避免出现大面积相似度。最后，要结合实际情况和学校要求，制定具体的查重合格标准，确保学术诚信和学术质量。

在确定论文查重合格率的合理设定原则时，还需注意避免简单追求低重复率而忽略了学术创新和独立思考。应该注重引导学生正确引用他人研究成果，培养独立思考和创新能力。同时，学校和教师也应加强对学术规范和论文写作规范的指导，提高学生的学术素养。只有在综合考虑学术要求、学生实际水平和学术诚信的基础上，才能确定出科学合理的论文查重合格率设定原则。