知网查重查了五个小时可能是由于文本量较大，系统负荷过重导致的。此外，网络连接不稳定、服务器问题、软件bug等也可能导致查重时间过长。为了提高查重效率，可以尝试减少文本量、优化系统配置、提高网络稳定性等方法。

在知网查重查了五个小时的过程中可能会遇到文本格式不规范、文本内容过于复杂、系统算法调整不当等问题。为了避免查重时间过长，建议在提交查重任务前对文本进行清洗、尽量避免过于复杂的内容，同时及时更新系统算法以提高查重效率。